Karl Seibech lever skjult for omverdenen på en lille dansk vadehavsø, hvor en gruppe mænd har tilbageholdt ham siden anden verdenskrig. En efterårsnat i 1976 finder en lokal kvinde ham dræbt på stranden. I hans ene lomme ligger båndene, der ikke kun afslører hendes fars brutale fortid, men også det faktum, at flere øboere deltager i forbrydelser mod menneskeheden. Hun kan ikke afsløre fonden, der står bag det hele, uden at afsløre sin far.

Socialpsykolog Louisa Moritz rejser til øen for at deltage i opklaringen af drabet. Sammen med kriminalkommissær Kristian Hansen indfanges Louisa i et net af dystre hemmeligheder og møder hård modstand fra øboerne, der går til ekstremer for at dække over hinanden og en voldsom fortid. Da de finder knoglerester af dræbte soldater på bunden af en brønd, forstår Kristian og Louisa, at svarene på deres spørgsmål vil få vidtrækkende konsekvenser for øens beboere. Det går efterhånden op for Louisa, at sagen trækker dybe spor i hendes egen familie, og at dem, der står hende nærmest, også er skyldige i handlinger, der virker utilgivelige.

Flod bygger på virkelige hændelser, rygter og fiktion. Flod er en fortælling om sammenhold og tilgivelse, om sandheder og løgne og om at træffe de rette valg, selvom det sårer dem, man elsker.