Kate vil aldrig glemme den aften for ti år siden, da tre mørke skikkelser med ligblege hænder dukkede op uden forhendes barndomshjem. Det var sidste gang, Kate og hendes søskende, Michael og Emma, så deres forældre. Da de flytter ind på den mystiske dr. Pyms børnehjem, begynder en rejse, der fører dem langt ind i en fremmedartet, faretruende verden. For at overleve er de tvunget til at finde ud af, hvorfor de bliver jagtet af de udræbelige morum cadi-krigere. Og hvad er det for en profeti, den magtbegærlige grevinde taler om? Skarpt forfulgt af skrækindjagende fjender, der alle efterstræber et magisk atlas med uanede kræfter, må de tre søskende kaste sig ud i kampen mellem det gode og det onde. "Det smaragdgrønne atlas" er første del af trilogien "Bøger fra Begyndelsen".