Kongens Fald fortæller historien om den unge bondesøn Mikkel Thøgersen, der kommer til København for at studere i begyndelsen af 1500-tallet. Her ser han Christian II, hvis liv han kommer til at følge på tætteste hold i en dramatisk tid, hvor krig og oprør ulmer i Danmark og i Norden. Christian II nedslagter den svenske adel i Det Stockholmske Blodbad og lader sig hylde som svensk arvekonge i et forsøg på at bevare et samlet Norden under dansk herredømme. Men en voldsom borgerkrig – Grevens Fejde – knuser kongens stormagtsdrømme.

Kongens fald er historien om begyndelsen til enden for Danmarks stormagtsstatus. Det er fortællingen om menneskets skæbne og vildfarelse imellem tvivl og handling, mellem tilfældighed og vilje.