Det nordiske politisamarbejde, der går under navnet Akademiet, samles til deres 2. elitemodul. Hampus Cedergren bliver tilbudt at deltage, men gensynet med Nadia Elmkvist er ikke det eneste, der får ham til at fortryde sin beslutning om at rejse til København. Teamet skal profilere gerningsmanden i en sag, hvor et spædbarn er forsvundet, og minderne om kæresten, Elin, der har været savnet i mere end to år, bliver ikke lettere at håndtere, da det viser sig, at efterforskningslederen mistænker barnets nærmeste pårørende.
Nadia rager hurtigt uklar med både Bjørn og efterforskningslederen. Også hun er personligt påvirket af sagen, og da Hampus presser hende til at gennemføre en afhøring af drengens mor, træffer hun en beslutning, der får katastrofale konsekvenser.
Drengen der forsvandt er anden sæson i serien Akademiet.