Hampus, Nadia og Bjørn har aftalt at starte deres egen, private efterforskning i sagen om Hampus’ forsvundne kæreste, Elin, men først skal de gennemføre Akademiets 3. og sidste elitemodul. Her lykkes det endelig Conrad Løwe at sikre sine aspiranter en sag, der vil give dem mulighed for at vise, hvor talentfulde de er. Den bringer teamet til Trondheim, hvor Bjørn er vokset op, og da det viser sig, at fundet af en stærkt lemlæstet mand er symptom på alvorlige problemer i lokalsamfundet, bliver den norsk-somaliske aspirant for alvor udfordret. Hans indignerede reaktion starter en kæde af begivenheder, der resulterer i, at Nadia forsvinder, og Hampus må forsvare sig mod nye, alvorlige anklager. Hyrden er tredje og sidste sæson i serien om Akademiet.