På et hotel i Berlin møder den albanske mafiahåndlanger Bashkim en frygtindgydende dansk gangster. Narko og penge skifter hænder, og de aftaler en ny handel med store mængder våben – sælgeren er den russiske mafiaboss Papa og køberen colombianske FARC.

Samtidig bliver 143 bankbokse tømt i en kælder ved Nørreport i København. Vicepolitikommissær Vicki Thomsen skal opklare sagen, og hun bliver fra første færd modarbejdet af sine midaldrende mandlige kolleger i Røveri. Ingen ved, hvad boksene præcist indeholdt, men det står hurtigt klart, at det har en forbindelse til russiske kriminelle.

Vicki Thomsens tidligere kollega Axel Steen har skiftet job og er blevet ansat som undercoveragent i PET. Det bringer ham til Amsterdam, hvor han infiltrerer kriminelle miljøer. Han er den fødte agent, men en ny opgave udvikler sig til den farligste og mest omkostningsfulde aktion, han nogensinde har været involveret i.

Papa er en rå krimi om at flygte fra sig selv og blive en anden, umulig kærlighed og om fædre og svigt, der får fatale konsekvenser.