På en løbetur i skoven opdager Martin Eriksen det mishandlede lig af en ung kvinde. En kvinde, han har mødt før, og som han er meget tiltrukket af. Liget har et malteserkors ridset ind i huden, og drabet bringer nyt liv i en sag, som Martin tidligere arbejdede med som journalist på MedieKoncernen. Her undersøgte han kontakter mellem det nynazistiske netværk Korsridderne og Danmarkspartiet. Samtidig opdagede Martin og hans kolleger, at danske muslimer, der var sat i forbindelse med terrorsager, tilsyneladende forsvandt.
Martins research skabte modstand. Hans familie blev truet, og chefredaktøren lukkede sagen. Hårdt presset skiftede Martin job til Vejdirektoratet. Men da han nu får flere oplysninger, beslutter han at gå videre med sagen. Konsekvenserne udebliver ikke. For hans familie, for ham selv og andre, der melder sig med hvert deres motiv:
Den dræbte kvindes håndfaste søster rejser til Danmark for at forske i en sygdom, som flåter kan overføre til mennesker. Og for at finde ud af, hvad der skete med søsteren.
Mehmet, en psykisk syg asylansøger, der lever i skoven, og som kender mere til Martin og det, der foregår derude, end godt er.
Martins gamle nyhedsredaktør Stenberg, som har sine helt egne grunde til at hjælpe.
Det samme har Martins excentriske mentor Eva, og Martins studiekammerat, den forhutlede bums Lasse.
Undervejs ændrer sagen Martins syn på sig selv, da han på den hårde måde finder ud af, hvem han kan stole på.
Skadedyr – Natmændene er første bind i en stærk, spændende og vedkommende krimi-serie, der foregår i et Danmark, der er splittet i dem og os. Den viser, hvad der kan ske, når ekstremister ikke kun taler om krig, men også bruger vold for at opnå deres mål: et etnisk rent Danmark.