Helenes krig er første sæson en spændingsfyldt, historisk roman om en ung piges svære valg. Den borgerligt opdragede og pæne pige Helene starter på Københavns Universitet i begyndelsen af 2. Verdenskrig. Hun får nye venner og efterhånden kommer hun ind i en modstandsgruppe. I starten handler det mest om at dele illegale flyveblade ud, men siden udvikler tingene sig i en langt farligere retning, der får dramatiske konsekvenser. Helene bliver kurer og senere også gruppens skarpskytte. Modstandsgruppen foretager til stadighed nye og farlige sabotageaktiviteter, og Helene udsætter sig selv for situationer, hun aldrig havde troet, hun skulle ende i. Og hvad hendes venner i modstandsgruppen ikke ved, er, at hun befinder sig i et stort dilemma. Den mand, hun har forelsket sig i, har nemlig tætte forbindelser til den tyske besættelsesmagt. Kan hun holde det skjult? Og skal hun følge sit hjerte eller være loyal over for gruppen?