Kate, Michael og Emma har indledt en hæsblæsende jagt på Dødens bog. De skal finde den, før Magus får fingre i den. For gør han det, vil alle tre bøger fra Begyndelsen være samlet på ét sted, og deres forenede energi vi udløse en ustoppelig kraft.

Emma er sidste brik i det store skæbnepuslespil, og hun bliver tvunget til at konfrontere de mørkeste sider af sig selv, såvel som de rædselsvækkende uhyrer og ånder, der bor i de verdener, hun må rejse igennem. Kun hvis hun formår at mestre den sidste og farligste bogs kræfter, vil hun, Kate og Michael kunne redde verden fra en altødelæggende krig.

Selve det stof, tiden er gjort af, falder fra hinanden, da Emma tager ud på sin søgen efter en afslutning – god eller dårlig – på det episke eventyr, hun, hendes forældre og hendes søskende er blevet hvirvlet ind i.

"Den kulsorte protokol" er tredje og sidste del af trilogien "Bøger fra Begyndelsen".